De todos os desafios que Bento XVI enfrentou durante seu pontificado, os casos de pedofilia no clero foram com certeza os mais dolorosos. O papa Ratzinger, que já havia encarado o problema enquanto era prefeito da Congregação para a Doutrina da Fé, interveio pessoalmente no processo, quando as denúncias de escândalos se multiplicaram nos Estados Unidos, Irlanda e, em menor proporção, em sua pátria, a Alemanha, e na Austrália. Associações e grupos ligados às famílias das vítimas de abusos sexuais praticados por sacerdotes cobraram da Igreja uma ação vigorosa para punição dos criminosos. Acusaram a hierarquia católica de omissão, alegando que o papa – primeiro João Paulo II e em seguida Bento XVI – tentaram proteger os padres pedófilos, transferindo-os de suas paróquias ou escondendo-os em conventos, em vez de entregá-los à justiça civil. As reivindicações foram muito além dos pedidos de indenizações milionárias, como aquelas pagas por dioceses norte-americanas. Entre os acusados, surgiram nomes de bispos que, em décadas passadas, teriam abusado sexualmente de crianças. Em setembro de 2011, a associação americana Snap, de vítimas de padres pedófilos, apresentou queixa no Tribunal Penal Internacional contra Bento XVI e três cardeais por crimes contra a Humanidade. O Vaticano não comentou a iniciativa.Diante das acusações, o porta-voz da Santa Sé, padre Federico Lombardi, saiu em defesa do papa e dos órgãos da Cúria Romana, para mostrar que não houve omissão da hierarquia. Seus argumentos não conseguiram evitar que Bento XVI se tornasse o alvo de manifestações de protesto pelos casos de pedofilia, como aquelas ocorridas na Espanha e na Alemanha, quando o papa visitou esses países, no segundo semestre de 2011. Lombardi disse que Bento XVI sempre foi um "guia" contra a "cultura do silêncio" na Igreja no caso dos padres pedófilos. O porta-voz do Vaticano lembrou a carta do papa aos católicos irlandeses, na qual ele condenou o crime e se mostrou contrário "a qualquer encobrimento ou ocultamento de abusos sexuais de eclesiásticos contra menores". Bento XVI decretou "tolerância zero" no combate à pedofilia e na punição dos pedófilos.O promotor de justiça da Congregação para a Doutrina da Fé, monsenhor Charles J. Scicluna, também fez a defesa de Ratzinger, lembrando que, como prefeito dessa congregação, ele agiu com "sabedoria e firmeza" ao tratar dos casos que chegaram a seu gabinete. "Acusar o atual pontífice de ter ocultado (os fatos) é falso e calunioso", disse Scicluna numa entrevista a Gianni Cardinale divulgada pelo site do Vaticano. A Congregação para a Doutrina da Fé, segundo seu promotor de justiça, analisou, de 2001 a 2010, cerca de 3 mil casos referentes a abusos sexuais contra menores praticados por sacerdotes e bispos nos últimos 50 anos. Nem todos os acusados poderiam ser classificados como pedófilos, porque em 60% dos casos se trata de efebofilia (atração sexual por adolescentes do mesmo sexo), 30% seriam casos de relações heterossexuais e 10% seriam atos de abusos sexuais de crianças (pedofilia).Ao defender-se das acusações, embora admitam a ocorrência dos crimes, autoridades da Igreja argumentam que o número de sacerdotes ultrapassa 400 mil no mundo, dos quais "apenas" certa de 1% são suspeitos de prática de pedofilia. "Os casos são numerosos, mas é preciso admitir que o fenômeno não é tão extenso como se pretenderia fazer crer", disse monsenhor Scicluna. Apenas 20% dos casos são objeto de processo penal ou administrativo, no âmbito das dioceses ou, muito raramente, em Roma. Os padres culpados são demitidos do estado clerical ou punidos com medidas administrativas e disciplinares, como a proibição de celebrar missa com presença de fiéis e de atender confissões, além da imposição de se retirar para uma vida de oração. Dos 3 mil casos de pedofilia examinados pelo Vaticano, cerca de 80% foram registrados nos Estados Unidos. Em 2009, referiam-se a padres americanos perto de 25% dos 223 novos casos ocorridos em todo o mundo. "Muitos países apresentam apenas um ou dois casos", disse o promotor de justiça da Congregação para a Doutrina da Fé, lamentando que as primeiras páginas dos jornais atribuam à pedofilia na Igreja uma dimensão que não corresponde à realidade. O celibato dos padres e a admissão de mulheres ao sacerdócio, questões recorrentes nas últimas décadas, estiveram insistentemente em discussão durante o pontificado de Bento XVI. Numerosos teólogos e alguns bispos pregam abertamente o fim de uma lei eclesiástica que proíbe o casamento para os sacerdotes de rito latino, atrelando essa exigência à vocação para o sacerdócio. O papa Ratzinger insistiu no celibato, toda vez que falou para padres e seminaristas. Em fevereiro de 2011, um manifesto assinado por 144 professores de Teologia da Alemanha, Áustria e Suíça incluiu o fim do celibato numa série de exigências de reformas na Igreja. O documento pede a ordenação de mulheres e a participação popular na escolha de bispos. O jornal Süddeutsche Zeitung, que divulgou o manifesto, observou que, segundo os teólogos, o número de signatários seria maior, se muitos não temessem represálias do Vaticano.Bento XVI não estava disposto a abrir mão do celibato clerical, afirmou o cardeal alemão Walter Kasper, prefeito emérito do Conselho Pontifício para a Promoção da Unidade dos Cristãos e amigo pessoal do papa. O cardeal considerou o debate positivo, mesma reação do episcopado da Alemanha diante do manifesto. Ele lembrou que em 1970 assinou com mais oito teólogos, entre os quais Joseph Ratzinger, um memorando pedindo um estudo sobre a necessidade da exigência do celibato – o que não significa que tivessem proposto a sua abolição. Quanto à ordenação de mulheres, a posição foi ainda mais dura. Se o papa não estava disposto a ceder no caso do celibato, embora se trate de uma lei eclesiástica que, em tese, poderia ser alterada, a intransigência foi maior na discussão sobre o sacerdócio feminino. Bento XVI argumentou que não era uma questão de a Igreja querer mudar a regra, mas sim de não poder mudar. Se Cristo não incluiu mulheres entre os apóstolos, somente homens devem ser ordenados padres. Mais elástica seria a discussão sobre eventual autorização para ordenação de homens casados como solução para a falta de padres, mas o Vaticano não permitiu que o debate fosse adiante. Bento XVI encarou, com firmeza, outros desafios enfrentados pela Igreja nos últimos tempos, como o aborto e o homossexualismo. Documentos e discursos pontifícios insistiram na condenação do aborto argumentando ser preciso defender a vida humana, da concepção até o seu fim natural, o que inclui a condenação de eutanásia. O papa seguiu a trilha de seus predecessores Pio XII, Paulo VI e João Paulo II, que também se pronunciaram contra o aborto.Quanto ao homossexualismo, Bento XVI se opôs à união estável (casamento) de pessoas do mesmo sexo, batendo na tecla de que o matrimônio, cujo primeiro objetivo é a procriação, só pode ser realizado entre um homem e uma mulher. Essa posição provocou manifestações contra as normas da Igreja, tachada de intransigente e retrógrada, e transformou Ratzinger em alvo constante de protestos públicos. Por exemplo, na viagem a Madri, em agosto de 2011, quando a polícia reprimiu um "beijaço" de gays, na presença do papa, em seu trajeto pelas ruas da cidade. Chamado de nazista, numa alusão ao fato de ele ter pertencido à Juventude Hitrerista em sua adolescência, Ratzinger não se perturbou. Ao contrário, procurou receber os atos de protesto com naturalidade, como manifestações compreensíveis num clima de liberdade e de diálogo, contanto que se respeitassem a ordem e os direitos de outras pessoas. Foi o que o papa disse aos jornalistas no voo entre Roma e Madri.