No início, a prova do Enem era feita em um único dia, composta por redação e 63 questões. Apenas duas instituições de ensino superior se propuseram a usar os resultados da primeira edição como critério de seleção. Assim, o concurso despertou pouco interesse, com 157.221 inscrições, pouco mais de 10% do total de 1,5 milhão de estudantes que terminariam o ensino médio naquele ano. A partir do segundo ano, em 1999, quando o número de instituições de ensino superior que aceitaram utilizar o resultado do Enem saltou para 93, o interesse dos estudantes também cresceu muito.
Em 2009, ao completar a primeira década de existência, o Enem passou por uma grande reformulação. Um acordo costurado pelo ministro da Educação, Fernando Haddad, com as universidades federais levou à criação do Sistema de Seleção Unificada (Sisu), consolidando o papel do Enem como critério de seleção no ensino superior público. Em decorrência dessa mudança, a prova quase triplicou de tamanho, passando a ser composta por redação e 180 questões – 45 em cada um dos quatro eixos: Ciências da Natureza, Ciências Humanas, Linguagens e Matemática.
O Enem avalia cinco grandes competências, aplicáveis a qualquer área do conhecimento: dominar linguagens, compreender fenômenos, enfrentar situações-problema, construir argumentação e elaborar propostas. A essas competências se vincula uma série de habilidades específicas em cada área do conhecimento – tarefas cognitivas que o aluno precisa realizar para demonstrar que aprendeu, descritas em um documento detalhado, a Matriz de Referência do Enem. Desenvolveu-se um instrumento para reforçar a precisão da avaliação, a Teoria da Resposta ao Item (TRI), “régua” de proficiência que considera pesos diferentes para as questões e as respostas dadas pelos candidatos.
Com a ampliação, a prova passou a ser realizada em dois dias. Isso fez com que a Fundação Cesgranrio, que organizava a prova desde o primeiro ano, desistisse de seguir com a missão. Convocou-se uma licitação para substituir o fornecedor. Na gráfica contratada pelo consórcio vencedor, houve o vazamento da prova, episódio que atrasou o cronograma e motivou uma completa reformulação do processo, com o objetivo de aumentar o nível de segurança. Os bastidores da história estão contados no livro O Roubo do Enem, escrito por Renata Cafardo, jornalista do Estadão.