Em retaliação ao apoio dado pelo PP de São Paulo ao candidato do PMDB ao governo do Estado, Paulo Skaf, a direção nacional da sigla vai destituir o deputado federal Paulo Maluf da presidência do diretório estadual. A cúpula do PP - que nacionalmente fez parte da coligação pela reeleição da presidente Dilma Rousseff - havia acertado que no Estado o partido estaria junto com o petista Alexandre Padilha, ex-ministro da Saúde que terminou a disputa pelo governo paulista em terceiro lugar. No último dia para a definição das alianças, no entanto, Maluf deu aval para que a direção estadual da sigla deixasse o barco do petista e embarcasse na candidatura de Skaf, que aparecia nas pesquisas de intenção de voto em segundo lugar. À época, Padilha figurava nas sondagens com apenas 3% da preferência do eleitorado, mas terminou com 18% dos votos válidos. O movimento deixou Padilha com o apoio apenas de PCdoB e PR e foi interpretado como uma traição pela cúpula nacional do PP.
A justificativa dada pelo PP de São Paulo para o desembarque da candidatura de Padilha foi que, em um acordo com o PMDB, o partido tinha melhores chances para eleger mais deputados. Nos bastidores, parlamentares do PP se queixam que a estratégia se provou equivocada: apenas dois deputados do partido foram eleitos no Estado, contra quatro no pleito anterior. Segundo apurou o Broadcast Político, o presidente da sigla, senador Ciro Nogueira (PI), deverá retirar Maluf e formar uma comissão provisória que será entregue justamente aos dois deputados federais eleitos em São Paulo: Guilherme Mussi e Missionário José Olímpio. Maluf, ex-governador de São Paulo, teve sua candidatura a deputado federal neste ano barrada com base na Lei da Ficha Limpa. Apesar disso, ele recebeu mais de 240 mil votos e aguarda análise de um recurso. Os votos dados para Maluf não foram considerados válidos e só serão liberados se a Justiça der aval à sua candidatura.