Além do impacto na área de APP, duas nascentes de córregos serão aterradas e 82 hectares de vegetação nativa terão de ser suprimidos para a ampliação do Aeroporto de Viracopos. A maior parte dessas árvores está nas comunidades rurais que vão ser desapropriadas para a obra. No total, serão 18,8 km2 de desapropriações - o equivalente a 12 Parques do Ibirapuera.As contrapartidas ambientais para a aprovação da obra também foram definidas pelo Consema. A Infraero deverá reflorestar a área de vegetação nativa que será suprimida. Há uma legislação específica para o cerrado paulista, o bioma que será mais atingido - são 55,7 hectares, dos 82 que serão destruídos. Segundo a empresa, uma Unidade de Compensação quatro vezes maior deverá ser criada para compensar o impacto das obras.A Infraero deverá adotar também um sistema para avaliar a emissão de gases de efeito estufa e compensá-los. Além disso, a estatal terá de fazer um projeto completo para um Centro de Triagem de Fauna.