O São Paulo viu no empréstimo de Brenner ao Fluminense uma possibilidade de o atacante de 19 anos jogar mais. Visto como promessa da base, o jogador perdeu espaço em 2019 e atuou em apenas seis partidas.
Brenner subiu ao elenco profissional do São Paulo quando tinha apenas 17 anos, em junho de 2017, sob o comando de Rogério Ceni. Ele era um dos destaques da base tricolor, mas não conseguiu repetir o sucesso no grupo principal.
O atacante perdeu espaço principalmente em 2018, após a chegada de Diego Aguirre. Acabou virando uma das últimas opções ofensivas e terminou a temporada com 22 jogos e sete gols marcados.
Em 2019, Brenner novamente não conseguiu ter espaço na equipe. Participou de seis partidas e não balançou as redes adversárias.
Na base, Brenner acumulou as conquistas da Copa Ouro Sub-17 (2016), da Taça BH Sub-17 (2016), da Salvador Cup Sub-16 (2016), da Aspire Tri-Series Sub-19 (2016) e do Campeonato Paulista Sub-17 (2016), além de ter sido Melhor jogador da Copa Santiago Sub-18 (2017), Artilheiro da Copa Nike Sub-15 (2015, sete gols) e Artilheiro da Copa Santiago Sub-18 (2017, oito gols).
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